Medizinische Genomik / Medical Genomics

Next Generation Sequencing (NGS) ist eine innovative Technologie, welche Forschenden die simultane Sequenzierung von Millionen DNA- oder RNA-Molekülen ermöglicht. Dieses leistungsstarke Werkzeug revolutioniert unzählige Forschungsfelder, wie die biologische Grundlagenforschung als auch die Untersuchung krankheitsrelevanter Prozesse.

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BIH Medical Genomics Core Facility

Die Medical Genomics Core Facility ist eine gemeinsame Core Facility der Charité und des Berliner Instituts für Gesundheitsforschung. Die Facility mit ihren beiden Standorten an der Charité und dem Max-Delbrück-Centrum für molekulare Medizin (MDC) verfolgt das Ziel, den Forschungsgruppen ein breites Spektrum an Next Generation Sequencing Technologien zur Verfügung zu stellen. Am kliniknahen Standort Charité liegt der Fokus insbesondere im Bereich Onkologie und personalisierter Medizin.

Serviceleistungen (Auswahl)

Klinische Anwendungen

Onkologie / Pathologie (Blut, FFPE, Fresh Frozen)

  • Tumor Diagnostik (Exome, Custom Panels)
  • Tumor Mutational Burden Test (Exome, Custom Panels)
  • Liquid biopsy (Roche AVENIO, Custom Panels)

Diagnostik von seltenen Erkrankungen

  • Whole Exome / Mendeliome Sequenzierung
  • Ziel-Panel Sequenzierung

Next Generation Sequencing (NGS) Methoden

  • Anreicherungsbasierte Zielregion-Resequenzierung
  • Amplikonbasierte Zielregion-Resequenzierung
  • Methylation-Capture Sequenzierung
  • Generelle DNA-Bibliothekenpräparation (NEBNext, Nextera XT, KAPA Hyper)
  • Präparation von NGS-Bibliotheken aus Fresh Frozen und FFPE Material
  • 16s Metagenomics
  • Transkriptom-Sequenzierung
  • (Low Input) totalRNA-Sequenzierung (ribosomale Abreicherung)
  • microRNA Sequenzierung

Ausstattung

Sequenzierer

  • Illumina MiSeq
  • Illumina NextSeq500
  • Illumina HiSeq4000

QC

  • Agilent 2100 Bioanalyzer System
  • Agilent 4200 TapeStation System
  • BMG Labtech FLUOstar Omega
  • Roche LightCycler 480 II
  • Thermo Fisher Countess II FL
  • Thermo Fisher NanoDrop One
  • Thermo Fisher Qubit 3.0

Automatisierung

  • Agilent NGS Workstation (Option B) – Bravo
  • Beckman Coulter – Biomek i7
  • Brand Liquid Handling Station
  • Roche MagNA pure 24
  • Roche AVENIO Millisect System
  • Thermo KingFischer Flex

Probenpräparation

  • Sage Science PippinHT
  • Thermo Fisher Covaris ME220
  • 10x Genomics Chromium System

Ansprechpartner / Kontakt

+49 30 450 643 527