Massenspektrometrie & Bioanalytik

Um komplexe biomedizinische Fragen zu beantworten, bedarf es des Wissens über die molekulare Zusammensetzung des zu untersuchenden Systems und der dynamischen Interaktion seiner Bestandteile. Die benötigte Expertise und instrumentelle Ausstattung findet sich in der Peptidsynthese und der Hochdurchsatz-Massenspektrometrie.

Sie befinden sich hier:

Die angebotenen Leistungen ergänzen sich und umfassen ein großes Spektrum an Methoden von der spezifischen Untersuchung einzelner Moleküle, z.B. über Markierung, Aufreinigung, Aktivierung, bis zur Quantifizierung der Gesamtheit aller Proteine oder Klassen von Metaboliten.

Core Facility für Hochdurchsatz-Massenspektrometrie

Foto: Wiebke Peitz, Charité.

Proteine und Stoffwechselprodukte geben Aufschluss über den genetischen Hintergrund, den Einfluss von Umweltfaktoren und der Wechselwirkung dieser Faktoren in Bezug auf den Gesundheitszustand eines Individuums. Die genaue, umfassende und quantitative Erfassung dieser Biomoleküle birgt damit enormes Potential speziell in der klinischen Forschung und Präzisionsmedizin.

Die Facility wurde gezielt ausgerichtet, um große Probenserien analysieren zu können, wie sie für systembiologische Experimente, als auch für klinische und epidemiologische Studien erforderlich sind. Dies umfasst die Analyse von Körperflüssigkeiten wie Plasma, Serum, Urin und Liquor.

Die Facility bietet Service für Zentren und Arbeitsgruppen der Charité, ist jedoch auch für externe Nutzer zugänglich und offen für Kollaboration.

Serviceleistungen

Die Einrichtung wurde kürzlich neu geschaffen und wird ab 2020 Proben annehmen. Um die Kapazitäten optimal zu nutzen, müssen alle Projekte zuvor im Detail besprochen werden.

  • LC-MS und LC-MS/MSAnalysen mittels DDA und bevorzugt DIA
  • Proteinidentifizierungen
  • Relative und absolute Quantifizierung
  • Deskriptive und funktionelle Datenauswertungen
  • Mustererkennung, Klassifizierung und Prognostik mit maschinellem Lernen

Ausstattung

Die Facility hat Zugang zu:

  • Quadrupole-Orbitrap Massenspektrometer
  • Linear Iontrap-Orbitrap Massenspektrometer
  • Triple Quadrupole Massenspektrometer
  • Quadrupole-Time of Flight Massenspektrometer
  • automatisierter Probenvorbereitung
  • bioinformatischem Service

Peptidsynthese

Die Facility Peptidsynthese bietet die Synthese kleinerer und größerer Peptide und deren Reinigung an.

Wir stellen sowohl einfache als auch modifizierte Peptide im mg-Maßstab her. Dazu gehören unter anderem Biotinylierungen, Acetylierungen oder Methylierungen. Ein weiterer Schwerpunkt ist die Kopplung von Peptiden an Carrier-Moleküle wie KLH, BSA oder an andere Trägermoleküle. Außerdem bieten wir Fluoreszenzmarkierung von Peptiden und cyclische Peptide an.

Serviceleistungen Peptidsynthese (Auswahl)

  • Fluoreszenzmarkierung
  • Phosphopeptide
  • Kopplung an Carrier-Proteine
  • Biotinylierung / Acetylierung /Methylierung von Peptiden
  • Einbau ungewöhnlicher Aminosäuren
  • Cyclisierungen

Alle synthetisierten Peptide werden nach Bedarf gereinigt und mittels HPLC und Maldi-Massenspektrometrie analytisch untersucht.

Ausstattung

  • Peptidsyntheseautomaten: 433A Peptide Synthesizer Applied Biosystems,
  • Syro Multiple Peptide Synthesize MultiSynTech,
  • Liberty blue/1 Microwave Synthesizer CEM
  • Präparative und analytische HPLC-Anlagen (Shimadzu)
  • MALDI- Massenspektrometer (voyager DE-pro, ABSCIEX)
  • Gefriertrocknungsanlagen Christ, Feinwaagen

Ansprechpartner / Kontakt

+49 30 450 528 030