Funktionelle Genomforschung - Next Generation Sequencing

Mittels DNA- und RNA-Sequenzanalysen konnten Forscher bereits Erkenntnisse über Struktur und Funktionen von Proteinen und RNAs sammeln und erhielten so Einsicht in krankheitsrelevante Mechanismen. Next Generation Sequencing (NGS) ist eine innovative Technologie, welche Forschenden die simultane Sequenzierung von Millionen DNA- oder RNA-Moleküle ermöglicht. Dieses leistungsstarke Werkzeug revolutioniert unzählige Forschungsfelder, wie die biologische Grundlagenforschung als auch das Gesundheitswesen.

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Core Facility Genomics

Die Core Facility Genomics ist eine gemeinsame Core Facility der Charité und des Berliner Instituts für Gesundheitsforschung. Die Facility mit ihren beiden Standorten an der Charité und dem Max-Delbrück-Centrum für molekulare Medizin (MDC) verfolgt das Ziel, den Forschungsgruppen ein breites Spektrum an Next Generation Sequencing Technologien zur Verfügung zu stellen. Hierbei wird Wert auf Flexibilität bei der Anpassung von Protokollen auf das jeweilige Forschungsvorhaben und der steten Implementierung neuer Technologien in das Angebotsportfolio gelegt. Am kliniknahen Standort Charité liegt der Fokus insbesondere im Bereich Onkologie und personalisierter Medizin.

Labor für funktionelle Genomforschung Charité (LFGC)

Das LFGC stellt interssierten Wissenschaftlern Mikroarraytechnologie, Sequenzierung und Methoden der funktionellen Genomforschung einschliesslich Hochdurchsatztechniken zur Verfügung. Das Labor bietet den Arbeitsgruppen entsprechende Dienstleistungen an oder fungiert als direkter Kooperationspartner in Forschungsprojekten der Einzelförderung oder in Verbundprojekten.

Serviceleistungen (Auswahl)

  • Sample QC for DNA/RNA and NGS-Libraries (TapeStation 4200 System, Bioanalyzer 2100, Qubit 3.0)
  • Automated Enrichment-based Targeted Resequencing: Sure Select XT, Human All Exon & Custom Panels (Agilent)
  • Amplicon-based Targeted Resequencing: TruSight Amplicon (Illumina), AmpliSeq Panels (ThermoFisher)
  • Methylation-Capture Sequencing (Diagenode)
  • General DNA-Library Preparation procedures: NEBNext div. (New England Biolabs), Nextera XT (Illumina), KAPA Hyper Prep. for FFPE-DNA (Roche Diagnostics, automated)
  • 16s Metagenomics
  • Transcriptome-Sequencing: poly-(A)-enrichment and library preparation (New England Biolabs)
  • Low Input total RNA-Sequencing: ribosomal depletion and library preparation SMARTer Technologies (TAKARA Clontech)
  • smallRNA-Sequencing: NEXTflex Technology (Bioo Scientific)
  • Bioinformatics support in collaboration with the Bioinformatics Core Facility (CUBI)
  • Liquid Biopsy based on multiple custom Gene Panels (Roche, automated)

Ausstattung

  • NextSeq 500 System
  • HiSeq 4000 System
  • TapeStation 4200 System
  • Bioanalyzer 2100 System
  • Qubit 3.0
  • NanoDrop One
  • Covaris ME220
  • LightCycler 480 Realtime-PCR

Ansprechpartner / Kontakt

Dr. Tomasz Zemojtel 

t: +49 30 450 643527