Forschungsdatenmanagement
Es werden immer größere Mengen von Forschungsdaten gesammelt und ihre Archivierung, Aufbereitung und Nachnutzung wird immer wichtiger. Hier finden Sie eine Übersicht über die an der Charité bestehenden Plattformen und Beratungsmöglichkeiten im Bereich des Forschungsdatenmanagements.
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Forschungsdatenmanagement an der Charité
Um Forschende bei einem strukturierteren Forschungsdatenmanagement (FDM) zu unterstützen, werden an der Charité Plattformen für bestimmte Datentypen angeboten: SODAR für OMICS-Daten, OMERO für Mikroskopie-Daten und das Virtual Research Environment (VRE) primär für Bildgebungsdaten, allerdings ohne Beschränkung auf diese. Darüber hinaus ist die Charité derzeit dabei, generische FDM-Services aufzubauen. Diese Infrastrukturen und Services für den Umgang mit Forschungsdaten sollen deren strukturierte Speicherung und Dokumentation sowie eine spätere Nachnutzung ermöglichen. IT-bezogene FDM-Services werden darüber hinaus vom Team Science-IT im GB IT angeboten, und Hochleistungsrechnen bietet das HPC IT Team des BIH an.
Generische Forschungsdatenmanagement-Services (im Aufbau)
Strukturiertes FDM schließt Fragen von z.B. Dokumentation, Dateiformaten und Qualitätssicherung ein. Darüber hinaus sind für eine spätere Nachnutzbarkeit der Daten die sog. FAIR-Prinzipien bedeutsam. Personenbezogene Daten erfordern zusätzliche Maßnahmen zu Datenzugang, Einwilligungen etc. Im Rahmen von Drittmittelanträgen wird zudem zunehmend gefordert, all diese FDM-Fragen zu adressieren, oft in Form eines Datenmanagementplans.
Derzeit erfolgen Planungen dazu, welche FDM-Servicestrukturen aufgebaut werden sollen, um obige Bedarfe zu adressieren. Diese sollen bestehende Infrastrukturen für bestimmte Datentypen und Nutzungsarten ergänzen. Ein zentraler FDM-Service könnte Beratungen, Schulungen und Online-Informationen anbieten. Bisher besteht ein solcher Service noch nicht, es gibt es aber je nach Verfügbarkeit die Möglichkeit einer Beratung durch das BIH-QUEST Center sowie in begrenztem Rahmen Fortbildungen und Online-Informationen. Darüber hinaus sind im Rahmen eines BUA-finanzierten Projekts eine Bedarfserhebung und weitere Aktivitäten zum FDM geplant.
Serviceleistungen
- Beratung zu allen Fragen des FDM (nach Verfügbarkeit)
- ggf. Weiterleitung an andere Fachabteilungen und Infrastrukturen mit Services im Bereich FDM
- Fortbildungen (FDM, Open Data, Teilen sensibler Daten)
- Online-Informationen, z.B. FAQ Open Data, FAQ Data Management Plans (DMP)
- Präsentationen zu FDM und Open Data in Instituten und AGs auf Anfrage
- Sammlung von FDM-Bedarfen, die in die weiteren Planungen eingehen
Ansprechpartner / Kontakt
Projektleiter
OMERO Mikroskopie Bilddaten Management
OMERO Plus ist eine Client-Server-Plattform, die die Verwaltung und die Analyse von Mikroskopie Bilddaten und weiterer Bildformate ermöglicht. Es können Bilddaten von der Entstehung am Mikroskop bis hin zur Veröffentlichung als Abbildung in einem sicheren zentralen Repositorium verarbeitet werden. Es werden aktuell über 150 Bilddateiformate unterstützt (OME Bio-Formats Library), einschließlich aller gängigen kommerziellen Mikroskopiebildformate.
Der OMERO Plus-Server ermöglicht das Anzeigen, (interne) Teilen, Analysieren und Verwalten von Mikroskopiedaten. Die Zusammenarbeit mit externen Kooperationspartnern ist ebenfalls möglich. Er integriert auch PathViewer, ein interaktives Visualisierungs-, Analyse- und Annotationstool, das speziell auf Workflows für die digitale Pathologie zugeschnitten ist.
Zugang zu Omero an der Charité ist hier möglich:
Ein OMERO-Nutzeraccount kann über Open IRIS beantragt werden (vorheriger Open-IRIS-Login erforderlich).
Service
- Individuelle OMERO-Konten
- OMERO-Gruppen für Forschungsgruppen
Hinweis: Jeder einzelne Benutzer muss einer Forschungsgruppe (d.h. OMERO-Gruppe) zugeordnet sein. Hierzu ist eine Bestätigung durch die Arbeitsgruppenleitung erforderlich (wird durch OpenIRIS automatisch verschickt). - Eröffnen Sie hier ein Konto (vorheriger OpenIRIS-Login erforderlich!)
Ausstattung
- OMERO+
- PathViewer für Workflows zur digitalen Pathologie
- High Content Screening-Workflows
- Sicherung und Archivierung von Daten
Ansprechpartner / Kontakt
Projekt-Koordination
- Dr. Harald Stachelscheid / t: +49 30 450 539 428
- PD Dr. Philipp Mergenthaler / t: +49 30 450 560 020
Technical infrastructure
-
Charité Science IT:
Dr. Peter Brunecker / t: +49 30 450 543 038
Nutzerunterstützung, Training und Onboarding
-
Robyn Brackin-Helmers (AMBIO)
Handbücher, Schulungsunterlagen und Lehrfilme
Zusätzliches Lernmaterial
Virtual Research Environment (VRE)
The Virtual Research Environment is a data management platform that enables medical researchers to store, process and share data in compliance with GDPR requirements. The platform promotes FAIR data principles and reducing barriers to biomedical research and innovation.
Serviceleistungen
- web portal
- segregated Green Room zone to capture and pre-process sensitive data
- analytics workbench tools for processing, analyzing, and visualizing datasets, automated ingestion of data from hospital-based data capture sources
- project-specific Data Warehouse for ingestion and query of structured datasets
- a metadata repository and graph database for capture and query of metadata and lineage tracking
- support for ontologies and automated extraction
- indexing of standard metadata fields to make data findable
Ansprechpartner / Kontakt
+49 30 450 560 005
System for Omics Data Access and Retrieval (SODAR)
SODAR (System for Omics Data Access and Retrieval) has been developed by CUBI to provide easy and safe access to omics data, and its meta data, processing results, and logs. SODAR is a great help in organizing data and empowering users to manage access to their data and meta data curation. The main features of SODAR include web and command line interfaces for biomedical and computational users.
Ressourcen
The local SODAR instance is reachable from internal networks only (Charite VPN access requires “Zusatzantrag B”). Most data sets within SODAR are private. Access to a private project requires approval by the PI (or consortium) in charge of the data.
SODAR has been selected as the omics data management solution for numerous large collaborative research projects including:
- Terminate-NB (Cancer Genomics)
- Translate NAMSE Berlin (Rare Disease Genetics)
- NUM-OrganoStrat (Single Cell Transcriptomics)
- BIH Clinical Single Cell Pipeline (Single Cell)
- MSTARS (Diverse Mass Spectrometry Technologies)
- SFB 1444 (Functional Genomics)
- Beyond the Exome (Genomics)
- BeLOVE (Multiomics)
and also hosts 100+ smaller single PI projects. The total capacity includes PBs of available storage space. SODAR follows the FAIR principles and uses community standards (Elixir) for metadata modelling.
Ansprechpartner / Kontakt
+49 30 450 543 601
Medizinisches Datenintegrationszentrum (MeDIC)
In den Datenintegrationszentren (DIZ) der Universitätsklinika werden die technischen und organisatorischen Voraussetzungen für standortübergreifende Datennutzungsprozesse für Forschungszwecke geschaffen. Das Medizinische Datenintegrationszentrum (MeDIC) der Charité wurde im Rahmen der Medizininformatik-Initiative (MII) als Teil des Konsortiums HiGHmed aufgebaut. Der Betrieb wird aktuell im Rahmen des Netzwerks Universitätsmedizin (NUM) finanziert.
Ziel des MeDIC der Charité ist es, in enger Zusammenarbeit mit der Health Data Platform (HDP), die Verfügbarkeit von Versorgungsdaten für standortübergreifende und lokale Forschungszwecke zu verbessern. Versorgungsdaten der Charité werden zu diesem Zweck im MeDIC zusammengeführt und Mittels offener Interoperabilitätsstandards auf den nationalen Kerndatensatz der MII abgebildet. Für die standortübergreifende Datennutzung ist das MeDIC an die Strukturen des HiGHmed-Konsortiums sowie der MII (Forschungsdatenportal für Gesundheit) angeschlossen.
Neben dem MeDIC haben BIH und Charité Governance-Strukturen nach den MII-Vorgaben aufgebaut. Diese umfassen ein Datennutzungskomitee, das Anträge auf Datennutzung prüft, und eine unabhängige Treuhandstelle, die für die Pseudonymisierung und Einwilligungsverwaltung zuständig ist. Eine weitere wichtige Komponente bildet der Broad Consent der MII.
Serviceleistungen
Das Angebot des MeDIC fokussiert darauf, Daten nach den Spezifikationen und Regularien der MII bereitzustellen und sich an Use Cases im Rahmen der MII zu beteiligen:
- Bereitstellung des interoperablen Kerndatensatzes der MII
- Beteiligung an nationalen Use Cases und Projekten im Rahmen der MII und des NUM
- Angebot weiterer Dienste in Zusammenarbeit mit der HDP
Lokale Anträge auf Datennutzung können über das Use & Access Committee (Intranet) der Charité eingereicht werden. Für standortübergreifende Vorhaben nutzen Sie bitte das Forschungsdatenportal für Gesundheit.
Ansprechpartner / Kontakt
Operative Leitung
Dr. Peter Brunecker
+49 30 450 543 038
Wissenschaftliche Leitung
Prof. Dr. Fabian Prasser
+49 30 450 528 781