Bioinformaktik und IT

Der Geschäftsbereich IT der Charité stellt alle grundlegenden IT-Dienste für die Charité zur Verfügung und bildet damit ein IT-Basis-Setup für alle Mitarbeiter und Mitarbeiterinnen der Charité. Innerhalb des GB IT bündelt die Abteilung Forschung und Lehre spezielle Anwendungen und IT Dienste für die forschenden Wissenschaftler der Charité.

Sie befinden sich hier:


Wissenschafts-IT

Für die Unterstützung von klinischen Studien stehen beispielsweise zentral bereitgestellte Studiendokumentationssysteme (inkl. ID- und Consent-Management) zur Verfügung.  Die Darstellung von Forschungsleistungen wird über die Bereitstellung eines zentralen Forschungsinformationssystems ermöglicht. Darüber hinaus ist ein klinisches Datenmanagement im Aufbau, welches eine Versorgung der Forschungsgruppen und Core Facilities mit forschungsrelevanten klinischen Daten ermöglichen soll.

Mit dem Team Science IT ermöglichen wir den Wissenschaftlern und Forschern der Charité eine Unterstützung und Beratung bei Antragstellung, Durchführung und Abschluss von Forschungsprojekten hinsichtlich Nutzung vorhandener IT-Infrastruktur, Datenmanagement, Machbarkeit und Methodik in der Datenanalyse.

Serviceleistungen (Auswahl)

  • Beratung und Bereitstellung zentrale Speicherablagen und Backup
  • Bereitstellung virtueller Server und Clients
  • Anwendungsbetreuung Studienregister und -verlaufsdokumentation
  • Anwendungsbetreuung Forschungsinformationssystem
  • Antragsservice (Beratung zu IT-Infrastruktur und Datenmanagement)
  • Beratung bei Projektdurchführung (Methodik und DataScience)
  • Beratung Projektabschluss (Archivierung, "Gute wissenschaftliche Praxis")

Ansprechpartner / Kontakt

+49 30 450 570 435


Wissenschaftliches Hochleistungsrechnen

Die Verarbeitung größerer Datenmengen unter Verwendung von rechen- und bandbreitenintensiven Algorithmen und Werkzeugen ist ein integraler Teil vieler biomedizinischen Forschungsfelder. Moderne translationale Forschung, insbesondere für die Bereiche Omics, bildgebende Verfahren und maschinelles Lernen, stellt spezielle Anforderungen an die Recheninfrastruktur, wie z.B. beschleunigtes Rechnen für maschinelles Rechnen, performanten Datendurchsatz für datenintensive Rechenaufgaben, Flexibilität und Reproduzierbarkeit. Dabei muss auch die Sicherheit und der Datenschutz auf der Infrastruktur und den Prozessen gewährleistet sein, z.B. durch ausgeklugte Authentifizierungs- und Authorisierungsmechanismen.

Die HPC IT betreut die zentrale HPC Infrastruktur im BIH, plant die Weiterentwicklung der Ressourcen gemäß der Bedürfnisse der Forschung, berät und unterstützt die Benutzer und Wissenschaftler, sowohl beim Design als auch bei der Durchführung der Datenverarbeitung. Der Fokus liegt zurzeit hauptsächlich auf der Verarbeitung von Omics Daten, insbesondere von humanen genomischen Daten, Schwerpunkte in Imaging und maschinellem Lernen werden gerade aufgebaut.

Serviceleistungen

  • BIH Rechencluster: Design, Betrieb, Benutzerberatung und -unterstützung
  • dezentrale Rechenressourcen: Design und Betrieb in Zusammenarbeit mit den Fachabteilungen
  • Speicherhierarchie: massiv parallele, hochperformante Speicherressourcen;
  • Im Aufbau: flexible, Scale-Out Speichertechnologie für wissenschaftliche Daten
  • Zusammenarbeit mit wissenschaftlichen Gruppen/anderen Core Units zur Optimierung von Datenflüssen
  • fachspezifische Workshops

Ausstattung

  • >200 multicore Rechenknoten, verschiedene Memory-Konfigurationen bis 1TB/Knoten
  • Latenzarme Fabrik (Infiniband) für parallele Jobs
  • 2PB DDN High Performance Storage, GPFS

Im Aufbau:

  • 4 GPU Rechenknoten mit insgesamt 16 NVIDIA V100 32GB GPUs
  • Rechen- und Speicherinfrastruktur im Kliniknetz der Charité
  • zentrale File Storage Facility für wissenschaftliche Daten im Forschungsnetz

Ansprechpartner / Kontakt