Andreas Malycha studierte von 1978 bis 1983 Geschichte an der Universität Leipzig. Von 1983 bis 1991 war er als wissenschaftlicher Mitarbeiter des Instituts für Marxismus/Leninismus beim ZK der SED bzw. des Instituts für Geschichte der Arbeiterbewegung in Berlin beschäftigt. 1989 schloss er seine Promotion zum Thema „Die SPD in der Sowjetischen Besatzungszone Deutschlands im Jahre 1945“ ab. In den Jahren von 1992 bis 1996 arbeitete er als freiberuflicher Historiker an verschiedenen Projekten, u.a. für die Friedrich-Ebert-Stiftung Bonn zur Gründung der SED. Danach war er als wissenschaftlicher Mitarbeiter an der Freien Universität Berlin (1996 bis 1998), am Zentrum für Zeithistorische Forschung Potsdam (1999 bis 2001), am Institut für Geschichte der Medizin/Zentrum für Humanmedizin Berlin (2003 bis 2005) und an der Technischen Universität Dresden (2005 bis 2008) tätig. Seit Februar 2008 ist er wissenschaftlicher Mitarbeiter am Institut für Geschichte der Medizin/Zentrum für Humanmedizin Berlin mit einem DFG-Forschungsprojekt zum Thema: „Biowissenschaften/Biomedizin im Spannungsfeld von Wissenschaft und Politik in der DDR und der Bundesrepublik in den sechziger und siebziger Jahren“.

Schwerpunkte seiner wissenschaftlichen Tätigkeit sind die Geschichte des politischen Systems in der DDR, speziell die Geschichte der SED, und die Wissenschaftsgeschichte der DDR.