Zu den Forschungsschwerpunkten des Instituts gehört es, bisher nicht kultivierbare Keime mit Hilfe molekulargenetischer Verfahren zu charakterisieren. Außerdem interessiert die Aufklärung von Mechanismen, die zur Schädigung infizierter Zellen und Organe führen. Erforscht wird ferner, wie Bestandteile der Bakterienwand mit Teilen des körpereigenen Immunsystems reagieren. Im Bereich der Umwelthygiene untersucht das Institut Lebensgemeinschaften von Mikroben und ihre Rolle bei der Entfernung chlorierter Kohlenwasserstoffe in damit belasteten Böden und Gewässern.